“加强非公有制企业党的建设，企业党组织要贯彻党的方针政策，引导和监督企业遵守国家的法律法规，领导工会和共青团等群众组织，团结凝聚职工群众，维护各方的合法权益，促进企业健康发展。”这是经过修改的党章中第一次对非公有制企业中党的基层组织的职责和任务作出了明确规定，指明了党组织发挥作用的途径和方法。在非公有制经济组织中开展党的工作，是增强和扩大党的阶级基础和群众基础的重要保证，是新时期拓展党的建设的新领域，是实践“三个代表”重要思想的战略要求。近些年来，与非公有制经济的迅猛发展相比，非公有制经济组织中的党建工作相对滞后。因此,在非公有制经济组织建立党的基层组织，充分发挥党组织的作用，已成为当前党的建设工作中急需解决的重要课题。
一、目前非公有制经济组织党建工作中存在的主要问题
问题一：党组织的建设滞后于非公有制经济组织的发展。
近几年，随着经济体制改革的不断深入，非公有制经济组织迅速发展。面对新的形势，各级党组织对在非公有制经济组织中建立党组织认识还不够到位，工作措施还不够得力，党组织组建工作滞后于非公有制经济组织的发展。
问题二:非公有制经济组织性质决定了党建工作存在一定困难。
非公有制经济组织，它的财产具有私有性，员工具有“雇佣”性，业主对企业领导有绝对的权威。因此组建党组织、开展党的工作在一定程度上依赖业主的认同。由于部分业主对组建党组织工作认识不一，心态比较复杂，有的甚至存在抵触情绪，导致这些企业的党组织组建工作难以顺利实施。
问题三:非公有制经济组织自身的不稳定性，不同程度地制约和影响着党建工作。
非公有制企业从业党员流动性大，数量不固定，党组织不够稳定。就我县而言,非公有制经济组织以小企业为主，占98%以上。由于企业规模小，党员数量少，党员流动性大，“朝增暮减”的现象比较普遍，致使部分企业党组织组建后得不到巩固。
问题四:党的力量比较薄弱。
虽然少数非公有制经济组织符合成立党组织条件，但由于种种原因不能及时组建党组织，导致覆盖面无法扩大。另外，由于非公有制经济组织中党员人数偏少，与员工数量相比比例偏低，致使党组织的影响力和作用发挥受到限制。
问题五:党组织关系不顺。
目前非公有制经济组织党的组织隶属关系主要采取属地管理的办法，但没有明确的规定，造成一些非公有制经济组织党建工作无人管理的现象。同时非公有制经济组织党建工作的责任机制还不够健全，党委工作部门工作力量薄弱，职责不明，遇到问题时互相推诿，党的建设工作尚未形成有效合力。
二、非公有制经济组织党建工作中存在问题的原因
(一)思想认识上的误区，使非公有制经济组织党建工作思想基础脆弱。
从不同层次的思维主体来分析，主要有以下四种思想倾向：一是有些上级行业和主管部门党组织报着无所作为——有“消极观望”思想倾向。有些同志没有把非公有制经济组织党建工作摆上议事日程，工作普遍无指导、无要求、放任自流。二是党员的复杂、懈怠心态——“打工雇佣”思想倾向。在非公有制经济组织里，业主和党员职工是双向选择关系，很多党员认为自己是临时的，流动性比较大，饭碗掌握在“老板”手里，随时有“炒鱿鱼”的可能，难以把自己的个人目标同非公有制经济组织党的整体目标、企业发展目标有机结合在一起，难以行使党员的权利和承担党员的义务，失去了党员应有的作用。三是非公有制经济组织党组织理不直、气不壮——“配角从属”思想倾向。部分党员认为，建立党组织和开展党建活动，受制于业主的制约和约束。四是价值利益的多元化，使得年青人不愿靠拢党组织——“急功近利”思想倾向。
2、非公经济组织党的建设缺少坚实的物质保证和后盾非公有制经济组织产权私有，除了对非公有制经济组织实行依法管理外，对其生产经营、组织机构设置、人事用工制度等缺少调控权。这就导致了在非公有制经济组织设置党组织，或者开展党的活动，对业主依赖性很大。