一、在企业的内部控制中全面预算管理的不足与缺陷
（一）全面预算管理的实施机构不完善
长时间以来，一些企业都不重视设置成体系的全面预算管理机构，认为预算管理就是财务部门应该完成的工作，导致全面预算管理无法发挥实际的作用，进行预算分析工作时会有很多阻碍，使工作的效率大大降低，也不利于后期的改进工作，整个全面预算管理就会陷入不通畅的循环中。在企业的内部控制中，要实现企业对全面预算管理工作的高效有力的掌控，就要建立完善的全面预算管理机构，尤其是在进入对经济增值进行价值管理的时期，全面预算管理的`工作量将会大幅增多，设置一个机构健全、管理灵活的全面预算管理体系迫在眉睫。
（二）全面预算管理实施编制工作的科学合理性不足
很多企业片面地认为预算管理工作只是针对企业控制成本而进行的，经常就会采用比较传统和陈旧的预算编制方法，不根据企业的具体发展现状，只是在上一年度或者上一季度的基础上进行适当的数量增减，而量的增减幅度缺乏科学合理的依据，只是编制人员依靠主观经验判断。比如编制人员对企业现金流量要实现一年度的预算编制时，就会有很大的困难和问题。
（三）全面预算的分析概括工作深入度不够
对企业的以往资料进行系统全面的分析就是全面预算差异分析，要使其很好地发挥对企业生产经营活动的引导作用，就要求定期及时地实施预算差异分析。当前大多企业的预算差异分析只是针对财务数据的变化，把上一年度预算和同期的数据实行差异比较，没有深入地挖掘差异的原因，更没有提出相应的改进方法，导致分析总结不科学，就会直接影响企业及时解决预算分析过程中产生的问题。
（四）企业全面预算管理业绩考核评价体系不健全
在建立全面预算机制、选取预算编制方法、监督检验预算分析等工作时，企业每个部门所做的工作和业务不同，贡献出的力量和成绩也会不一样，企业因为没有设置科学合理地奖惩体系，就无法实现考核上的区分对待。另外，企业经常不重视预算业务最终的完成成绩，只是针对预算的执行情况进行分析评价。如此一来，造成业绩考核工作只是流于表面，极大地降低员工工作的热情和积极性，导致企业内部控制中全面预算管理的目标和效果难以实现。
二、企业内部控制中加强全面预算管理的办法
全面预算管理在实现企业内部控制中发挥着巨大的作用，针对上述企业内部控制中全面预算管理的不足和缺陷，将从下面几个方面提出解决措施和方法。
（一）准确定位全面预算管理
企业内部控制的科学有效运行需要对全面预算管理进行准确合理的定位。作为企业的领导者和决策者，企业管理层应该全面认识和理解预算管理的含义和重要意义，对预算在企业经营过程中的作用做出准确的定位。企业在实行一切业务活动时，对企业经营、投资支出、财务管理等，还有供应、生产、采购各方面，企业内部的各部门和各岗位都要做出全面预算管理，将全面预算管理贯穿在整个企业业务活动中。
（二）设置全面预算管理机构体系
设置健全的全面预算管理机构体系，有利于全面预算管理更好地发挥作用。全面预算管理与企业内部控制是相辅相成的，设置科学的全面预算体系，进一步增强企业的内部控制，把具体的控制任务和目标分布在相应的预算管理中，并制定预算管理的具体负责人员，高效有力地将企业预算流程和内部控制流程结合，设置和健全以全面预算管理为基础的企业内部控制机构。
（三）健全全面预算的预算编制体系
企业对业务活动的提前预算和控制就是全面预算的编制。健全全面预算管理编制体系，有助于企业内部控制中全面预算管理水平的提升。依据企业具体的业务发展情况，在实行预算编制时，运用上下结合、自上而下或者自下而上的程序，保证预算编制的科学合理，防止预算编制指标与实际情况和企业的战略目标不相符合，阻碍企业经济发展的步伐。总之，全面预算管理寓于企业内部控制中，与企业的内部控制互为一体，完善健全的全面预算管理有助于内部控制更好地发挥作用，进而对企业的经济发展产生非常大的影响。可是，在企业内部控制中全面预算管理还存在着许多问题和不足，就需要企业在实行一切经济活动时，对全面预算进行准确合理的定位，设置全面预算管理新体系，健全全面预算管理编制制度和全面预算业绩考核机构。只有这样，全面预算管理才可以在企业内部控制中得到更广泛的运用。