随着公共管理和公共财政的推行以及市场机制的不断完善，尤其是课题制的推广。使科研机构的财务活动及其面临的财务环境发生了许多变化，迫切需要财务管理方面的创新。构建科研机构财务分析体系，则是其中必不可少的一个重要方面。
1． 存在的问题
长期以来，科研机构的财务分析一直是一个弱项。在现行《科学事业单位财务制度》中，仅设计了一些财务指标，缺乏系统的财务分析体系。有些人对科研单位的财务分析进行了一些探讨，但主要是针对如何执行现有财务制度的对策建议，尚未突破现有制度的约束，研究的思路尚未上升到理论层面，缺乏对科研机构财务分析的理论和方法、财务分析指标、财务分析程序、评价标准等方面的研究。有些科研院所以加强科研经费管理为导向，设计了一套绩效评价体系，相比相之下，有很大进步，但缺乏通用性。
在实际工作中，由于缺乏一套科学、健全的财务分析评价指标，从而限制了科研机构财务管理的职能作用：①财务管理的监控作用难以发挥。财务指标不完善，财务分析工作滞后，使管理者、出资者等利益主体难以及时、全面地掌握科研机构的财务资源状况、资产管理状况等财务信息。②限制了财务管理对单位内部收益分配的监控作用。在单位内部的收益分配上，由于缺乏财务绩效评价指标、导致有些单位以账面收入为增发工资福利的考核指标，在收入尚未变现的情况下，实际上是以负债兑现。③财务管理对单位绩效的监控作用，制约了激励和约束作用的发挥。财务分析指标不完善，不利于考核科技经费的使用效益，不利于考核单位的管理水平和绩效。
2．建立科研机构财务分析体系的必要性
从本质上讲，财务分析是对经济组织的财务信息的加工、创造和再利用，它具有预测、评价、决策、查明问题原因的功能，其目的在于评价过去、掌握现实和预测未来。对于科研机构来说，探索和建立科学、系统的财务分析体系，是提高单位财务管理水平和强化主管部门财务监管的需要。
1）财务分析是财务报表的扩展和深化
财务分析不同于财务报表分析，二者在分析对象、分析范围和分析广泛上有显著不同。财务分析的对象是经济组织的财务活动（包括财务报表），报表分析的对象是依据会计准则编制的财务报表，就范围看，财务分析涉及经济组织的一切财务活动，包括财务报表内外的信息，报表分析限于表内及相关信息，就分析方法看，报表分析的方法比较简单，多采用初级数学，而财务分析采用的方法比较复杂，包括数学、经济学、统计学等。
2）财务分析是单位绩效评价的基础。
绩效评价是对管理当局绩效的“标识”，但不能发现问题和成绩的原因，而财务分析是绩效的基础和深化，可以挖掘问题的成因，可以使绩效得以量化。依据财务分析进行的绩效评价不同于考核，考核的主观因素较多，而基于财务分析的绩效评价依据主要是客观性指标。
3）有利于完善科研机构的委托代理关系契约。
对于科研机构相关利益者来说，由于委托——代理关系中存在信息不对称，外部利益者如主管部门、单位出资者和债权人所掌握的信息少于代理人，需要对代理人披露的相关财务信息进行分析，以此判断代理人即科研机构管理当局履行契约的程度。
4）有利于掌握科研机构资源使用情况和评价服务能力。
科研机构过去、现在和未来从事公益事业的能力离不开财务支持，单位运行中的问题最终可集中反映到财务上，财务分析具有事前预测，事中控制、事后评价的功能，通过财务分析，可使科研机构管理者和相关利益者及时掌握单位财务资源状况及持续从事公益事业的能力，发现单位运行中的问题及其原因，从而及时采取得力措施。
5）有利于加强主管部门对机构的财务监管。