《东邪西毒》很多人都说难懂。香港电影学会剪辑课教材影片，该片剪辑师谭嘉明主讲，每年亦有很多学生抱怨看不懂。这当然与其错综复杂的情节及拼接的叙事结构有关，但更多的是与其强烈的影像表现力和不按常理出牌的剪辑方式有关。下面对该片剪辑技巧的特色进行解析。
1.独具特色的正/反拍剪辑
正/反拍剪接是基本的剪辑技术，每一部主流电影，甚至很多实验电影都会采用。
王家卫的电影也经常沿用传统的正/反拍剪接方式。较主流的《旺角卡门》不用说，《东邪西毒》中也有出现，例如刚开场不久，张国荣饰的欧阳峰与刘洵饰的对手打斗，便有几个人对剪的正/反拍。但这种主流的剪辑手法，在《东邪西毒》内一般都出现于过场式或较次要的时刻。在重要的戏剧场面，剪辑师采用违背了约定俗成习惯的剪辑方式，因此令人有“不知他说什么”的感觉。该片独特的正/反拍剪接风格，有以下数种方式。
(1)多用双人镜头
一般主流电影，两个角色的对手戏都采用双人镜头及单人镜头对剪的方式。甲与乙交谈，首先同时见到两人，跟着一个甲的单镜、乙的反应镜头，然后再回到双人镜头或甲乙对剪。而《东邪西毒》的剪辑刻意违背这种方式，大量应用双人镜头。例如黄药师第一次探望欧阳峰，两人风马牛不相及地在屋外帐篷下的远镜中坐着，黄在桌旁提到“醉生梦死”，欧阳远远地坐在墙上，身体向着外面苍凉的景色，头却转过来听。在朦胧的暮色或阴暗的灯光下，我们只听到黄的独白，看不到两人的表情，发言者的口形更不用提了。直至谈话的末段，才接到黄的中镜，让我们看得清楚点。跟着接到一个欧阳的正面特写，好像是他的反应镜头，细看之下，背景却已移至室内，声带上亦响起他的旁白，显示已进入了别一场戏。
这种剪辑及场面高度，营造出强烈的疏离效果，阻止了观众对角色的认同及对电影的投入，令他们难以产生一般观影的感情反应。例如上文提到的欧阳峰特写，时间非常短暂，一般观众可能根本未有机会看清楚更换了背景，只直觉地感到有了变动，更增迷惘之意。
(2)没有反应镜头
承接上文，观众误会欧阳的特写为反应镜头，因为这是一般电影的剪辑策略。《东邪西毒》令人困惑的地方，就是经常违反了观众的期待。黄药师说话，我们自然想看到欧阳峰的反应，一般电影也会满足我们的期待。该片剪辑巧妙的地方，是那一个欧阳峰的特写，又起码交代了他的部分反应，不过这反应却发生在另一场戏中!
贯穿《东邪西毒》，剪辑风格不断触犯着我们的期待，拒绝为我们提供反应镜头，最明显的例子是介绍欧阳峰为杀手经纪人的戏。他在大特写中对着镜头说话，对象是右方前景只见到黑黑的背影的人。欧阳峰巧言令色地引诱这个无名人去买凶，但剪辑师从头到尾不让我们看到他的面貌。只有正拍，没有反拍镜头。
另一个例子是杨采妮饰演的无名女子，请求欧阳峰雇大夫照顾洪七。欧阳语带讥讽地说：“可惜我家没有鸡蛋……你是最擅长用鸡蛋请人做事的。”他边回应边喝水，画面停留在他的面部特写，没有剪到她的反应。直至他喝完水，去到她身后说：“我是不会救他的”，我们才在双人镜头的特写中见到她的反应镜头。
(3)从单人镜头到双人镜头的长镜头
《东邪西毒》中，省略反应镜头而改用双人镜头的剪辑策略，有时则以长镜头画面出现。慕容嫣与欧阳峰讨论她“哥哥”，两人围着一个鸟笼谈了好长一段话，但剪辑师只用了一个镜头。长镜头中慕容、欧阳、鸟笼、笼的影子、镜头焦点都不断移动，婆娑起舞地彼此配合。他说话时，也没有剪到她的反应，反而安排他慢慢地走到她身旁或身后，镜头则跟着他从单人镜头摇到双人镜头，让我们同时见到说话的他及反应的她。稍后“哥哥”慕容燕出现，也应用了同样的剪辑手法。
(4)画外音的剪接运用
《东邪西毒》的剪辑，喜欢安排画外音作为剪接点的重要元素。
无名女子请欧阳峰帮助洪七，镜头中我们只看见听而无心的他，而看不到苦苦央求的她，等如一个断裂的反应镜头。换一种说法，是只有反拍镜头，而没有推动它的正拍镜头。
又例如夕阳武士的出现。电影从他的妻子抚摸马匹的场面接到一个酒碗的特写前，画外响起黄药师的声音：“介意我请你喝杯酒吗?”黄的手正想倒酒，但武士的声音在画外回应：“我今晚只想喝水。”倒酒的手停在半空，还未退出画面，水舀子已从桌下出了场，接下来的镜头中，黄慢慢地为酒碗注上了水。三人间复杂的关系，在画中人、画外音、回忆/想像间一连串巧妙的剪辑中，得到了含蓄的交代。
以上各种方式，都是违反观众期待的正/反拍剪辑技法，在角色之间制造了特异的关系，含蓄但有交地表达了电影中爱恨缠绵、迷惘错乱的感情瓜葛。
2、令人困惑的视点剪辑
约定俗成的电影文法，剪辑规律很大程度上依据视线的一致性。意思是说。从一个镜头接到另一个，视线是应该衔接的。《东邪西毒》的`剪辑虽然非常独特，但并非石破天惊的离经叛道。不过，由于他别树一格的场面调度，往往产生令人迷惘的剪辑效果。
(1)目不交投的角色
电影画面中，角色交谈时往往目不相接，而且身体更朝着不同方向，以构图表达隔膜。上文讨论的欧阳峰与黄药师在屋外对谈的场面是典型例子。其他如夕阳武士与无名女子的答问、欧阳峰请洪七吃饭等场面，这种情况都不断出现。这种特别的场面调度，往往令观众不能依循视线的一致性去理解电影的剪辑，因此会有摸不着头脑的感觉。
黄药师喝完“醉生梦死”后与欧阳峰交谈一段，剪辑师先给我们一个中景，银幕右方是转动的鸟笼，左方则是倚墙的欧阳峰，与画外的黄药师谈了几句。跟着接到一个全景，鸟笼在银幕左上角转动，黄则在中间偏左的位置坐在地上。本来鸟笼的存在已为我们设立了角色的位置，即欧阳在笼的左方、黄在笼的或方。但欧阳在中景里，目光却向右方凝望，令我们真觉上以为黄是在他左方，两个镜头的连接便有突兀之感。其实我们只要了解，他们谈话时没有彼此直望，便不会有问题。而对白中，欧阳也特别问黄为何盯着鸟笼，更为我们安排了线索。
跟着，剪到一个双人镜头，欧阳侧面的大特写在银幕右方，左上角是鸟笼，坐在地上的黄则在中间。这个镜头有几点令人迷乱的地方。一是欧阳峰这回定晴地望着黄，后者则在银幕上他的左方。此外，鸟笼在左上角转动，更将两个角色同时安排在笼的右方。
这是剪辑师玩弄空间与调度的手法。首先，欧阳的凝视可解释为他已经转过头去看着黄。而两人的位置则是摄影机移动了一个90度与180度间的角度，将角色与鸟笼的地理关系重新界定了，虽然没有违反基本的“180度定律”，仍然令我们有无所适从的感觉。
这种做法，挑战了电影语言文法。虽然在现实生活中，人与人交谈，确实经常都会目不交投，但电影在发展过程中，视线的一致性已经成为了剪辑的定律，剪辑师因此常常努力在镜头调度上维持这种一致性，例如一个角色往右下方望，接到与他对话的角色便会往左上方望。《东邪西毒》不以为然地违反了视线的一致性，产生了奇趣的剪辑效果。