一、在明确职责分工，理顺工作岗位，严格权限控制方面
明确划分会计职员的职责，是内部控制制度的基础。根据财政部的规定，会计岗位应划分为会计主管、会计核算、会计稽查、出纳、会计档案治理等，在手工会计系统中，财会部分形成了一个相互制约、相互监视的内部牵制网烙，因而很少出现错误和舞弊现象，即使偶然出现题目，也能及时得到纠正。手工环境下的这种职能分工起到了很好的内部控制作用。实行会计电算化后，会计工作按照电算化会计信息系统的功能重新进行组织，其全部处理过程均由计算机来完成，只是由哪些人往完成哪一阶段工作而有所不同。因此会计工作岗位在会计电算化后也应作相应的调整，即电算化会计岗位在会计电算化后也应作相应的调整，即电算化会计岗位应包括电算化系统治理、系统维护、收据审核、系统操纵、出纳、会计档案治理等，岗位的设定可结合本单位所使用的会计软件系统内部业务流程和模块功能相应设置，岗位确定后，要明确各岗位的职责范围，建立电算化会计岗位责任制，切实做到事事有人管，人人有专责，办事有要求，工作有检查。在会计电算化工作岗位时，还应该根据职责分离的原则分配岗位，如凭证输进与审核不能由同一个人进行操纵，出纳职员除出纳岗位外不答应进行其他操纵等。
在实行会计电算化后，由于计算机的参与，原来人与人之间的有形联系部分转变为人与计算机系统的联系，计算机是由人控制的，它无法自动识别各个操纵人身份，也不知道操纵职员所进行的操纵是否具备相应的权限。因此，为了确保系统安全、有效的运行，防止合计信息被盗、被篡改、必须建立权限治理制度。权限要有监控机制，除电算化治理员外，其他岗位职员不得直接开机调出文件进行操纵，不得随意删除数据、原程序和库结构，电算化系统治理员有权设置每个人的操纵权限，有权监控每个人的操纵内容等。各人的操纵权限规定以后，一般应设置三层秘码：第一层是用户开机秘码，第二层是进进核算密码；第三层是用户个人操纵权限密码，有必要时还可以设置屏幕保护密码，所有这些密码还要定期进行更换，目的是防止财务机密外泻和蓄意使用计算机做案。
二、会计业务处理流程的控制方面
手工环境下的业务处理流程也是在内部牵制网中进行的，会计凭证、帐薄、报表之间按照一定的程序分别由不同的人记录和编制，任何一道手续的处理，都意味着对前几道手续的审查和复核，以便把差错消灭在业务处理结束之前。各个岗位的会计职员还可随时通过审查凭证、帐簿和报表，发现存在的题目，及时防范和纠正，从而实现对经济业务的控制。在电算化会计系统中，原始收据输进以后，剩下的大部分业务处理流程都是由计算机来完成的。这样，一部分在手工会计中由多人、经多道手续完成的业务，变为由计算机同一快速完成，削弱了业务处理过程的审查复核机制。由于在计算机系统中，明细帐、总帐及报表同出一辙，假如原是数据输进有错误，那么三者必须同时发生错误，而且错误的金额也一定相等，所以不可能利用平衡原理往发现和查找错弊，因此收据的采集和输进就显得至关重要。为确保系统提供会计信息的正确、可靠，所有的原始凭证都要有操纵职员和财务职员主管职员共同鉴章以后才能录进计算机内。其中重要的是会计科目代码，编制会计凭证中的会计科目是以代码的形式录进的，因此会计科目代码是计算机处理业务的条件，在编制代码时要留意他的唯一性、有效性和可扩展性，一旦科目代码发生错误，则形成的所有信息自然也是错误的，由于数据记录有不可见性，数据修改也不留痕迹，所以要严格接接触控制，杜尽未经授权职员进行操纵，要严格密码权限治理，设置必要的稽核检查，还要建立工作日志，具体记录凭证传送的.手续和时间、凭证编制日期、操纵职员等，防止已编制会计凭证丢失或插进未经授权随意改动有关数据等现象的发生。
三、数据存在形式的控制方面
在手工会计中，信息主要是保存在记帐凭证、帐簿、报表等纸张上，由于这种介质可以签字、盖章使信息实体证据化，有利于划清责任，并且也不轻易被无意损坏。但是在会计电算化系统中，数据输出的信息主要保存在磁带、磁盘和磁性介质上或光盘上，这种介质可以被重复被利用，轻易造成无意丢失，况且记录在磁性介质上的信息对人来说是看不见的，很轻易被篡改或删除。或者由于误操纵等原因使文件丢失，因此要实行备份制度，对数据文件要进行日备份、月双备份，年度要刻录在光盘上，每月的备份资料要分开地点存放，同时定期进行复制，防止磁性介质丢失。所以会计电算化形成的会计档案包括会计凭证、帐簿、报表等除备份到磁盘、光盘上外，还应定期打印成书面形式保存，并由各负责人签名并盖章。备份及打印输出的各种会计资料，应按财政部规定的档案治理办法由专人负责整理、立卷、回档、同时做好防磁、防潮、防火、防尘、防盗等工作，查阅或者借阅会计档案要按规定进行登记，移交、销毁会计档案要按规定办理手续，保证各种档案的安全与保密，保证各种档案的安全和保密，保证各种档案得到公道、有效的利用。实现会计电算化后，会计职员要加强事业心和责任感，对于打印输出的会计材料要认真的检查和核对，不仅可以把握大量的会计信息，还可以及时发现错误并进行纠正。