在过去十多年中，中国股市经历了一系列调整和变动，股票市场在国民经济中的作用不断增强，在中国的经济和金融改革中扮演了一个重要的角色。恰当的理解股票市场在经济演进过程中的变化以及这些变化的含义对于市场监管者和实际投资者都有着重要的意义。对市场之间的整合性的研究已引起了相当多理论研究者的注意，并且，国外学者在这方面已经做了相当多的实证研究，这其中大部分是以一些发达国家的金融市场为对象的。
下文将以深市和沪市指数为对象来研究两个市场之间的关联关系。因为股票指数作为一种统计指数，其本质功能是用平均值的变化来描述股票市场的动态变化，这是任何一种股票指数都必须具备的基本功能。在现实中经常发现的几大股票市场的指数是先行的指数，存在着某种相互影响的关系，市场参与者都努力寻求如何通过股票市场的指数的变化去建立各国股票市场波动关系模型。本文也以此为基础做出一些实证分析。
数据说明
为了分析两个市场之间的关系，本文分别选取了沪深两市中较有代表性的上证A股指数（SAZ）和深证A股指数（ZAZ），所有数据来自于中国经济学教育科研网计量经济论坛，包括从1995年12月19日至2005年6月17日期间2287个交易日的两市的收盘指数。InZAZ和InSAZ分别指ZAZ和SAZ的对数值，△InZAZ和△InSAZ则分别是InZAZ和InSAZ的一阶差分。所有的数据分析均使用EVIEWS3.1进行。
实证分析
在充分掌握两市的时间序列和差分序列分布之后，我们拟用协整检验以及误差修正模型来从实证上分析这种关系。
（一）单位根检验
首先对两市收盘指数的对数值进行单位根检验，以此确定时间序列的单整阶数。通过分析可知，深证A股指数的收盘价和成交量的时间序列都是一阶单整的，即InZAZt∶I（1）和InSAZt∶I（1）。
（二）协整检验
在做协整检验之前，我们首先进行Granger因果检验来确定两市之间影响的因果关系。从检验的结果看，InZAZ和InSAZ之间存在双向的格兰杰因果关系，两市的波动具有互相影响的作用。
然后对上述两个变量检验是否存在协整关系，首先确定LNC和LNV的VAR模型的滞后期数。应用对数似然比统计量，我们计算得出以下结果
因此表明建立VAR(1)模型是可行的。进而，Johansen协整检验的结果表明确实存在着某种经济机制制约着上证A股收盘指数和深证A股收盘指数之间变动，长期而言，它们的线性组合有向均衡收敛的趋势：
其中νt表示长期稳定的偏差。
（三）建立误差修正模型（ECM）
协整检验的结果表明我们可以使用ECM来进行长短期关系分析，两市A股收盘指数之间的长期关系估计结果如下：
在长期均衡关系中，两市A股的变化存在着不显著的反向变化，常数项表示两市A股指数之间的落差。
短期关系估计结果如下：
括号内的为t统计量。通过上面两个式子分析，可以发现深市A股的变化对沪市A股变化的.影响较大，且其系数的统计量较为显著（t=-1.91），而沪市A股变化对深市A股变化的影响则小，且这种影响不显著，因其系数不显著（t=0.84）。不过两市A股长期均衡关系对两市的影响则较为显著（t值分别为-2.74和-3.67），尽管这种影响不是很强。